ظهرت الإعتقادات بوجود مؤامرة من قبل صانعي القرار و ذلك بعد تكشف عدة حقائق تم إخفائها عمدا:
- أقامت منظومة نوراد الدفاعية قبل سنتين من العملية الفعلية تدريبات وهمية لضرب برجي التجارة و البنتاغون
- في سبتمبر 2000 و قبل إستلام إدارة جورج دبليو بوش ظهر تقرير أعدته مجموعة فكرية تعمل في مشروع القرن الأمريكي الجديد، كان أبرز المساهمين بها هم ديك تشيني ، دونالد رامسفيلد ، جيب بوش، باول ولفووتز، سمي هذا التقرير إعادة بناء دفاعات أمريكا، ذكر به أن عملية التغير المطلوبة ستكون بطيئة جدا بغياب أحداث كارثية جوهرية بحجم كارثة بيل هاربر
- في 24 أكتوبر 2000 بدأ البنتاجون تدريبات ضخمة أطلق عليها اسم ماسكال. تضمنت تدريبات و محاكاة لاصطدام طائرة بوينغ 757 بمبنى البنتاغون
- في 1 يونيو 2001 ظهرت تعليمات جديدة و بصورة فجائية من رئاسة الأركان العسكرية تمنع أي إدارة أو قوة جوية بالتدخل في حالات خطف الطائرات بدون تقديم طلب إلى وزير الدفاع و الذي يبت بالقرار النهائي بخصوص الإجراء الذي يمكن أن يتم إتخاذه
- مع تكرار النفي الأمريكي ذكرت تقارير الإستخبارات الفرنسية أن أسامة بن لادن كان قد دخل إلى المستشفى الأمريكي في دبي في 4 يوليوز 2001 أي قبل شهرين من أحداث 11 سبمتبر حيث زاره أحد عملاء وكالة الإستخبارات المركزية، و الذي تم استدعائه بعد ذلك فورا إلى واشنطن
- في 24 يوليوز 2001 قام رجل أعمال يهودي اسمه لاري سيلفرشتاين باستئجار برجي التجارة من مدينة نيويورك لمدة 99 سنة بضمن عقد قيمته 3.2 مليار دولار و تضمن عقد الإيجار بوليصة تأمين بقيمة 3.5 مليار دولار تدفع له في حالة حصول أي هجمة إرهابية على البرجين. و قد تقدم بطلب المبلغ مضاعفا باعتبار أن هجوم كل طائرة هو هجمة إرهابية منفصلة. استمر سيلفرشتاين بدفع الإيجار بعد الهجمات و ضمن بذلك حق تطوير الموقع و عمليات الإنشاءات التي ستتم مكان البرجين القديمين
- تم سحب جميع كلاب اقتفاء أثر المتفجرات من البرجين و تم توقيف عمليات الحراسة المشددة على الرغم من التحذيرات الأمنية المتكررة من مخاطر أمنية، و ذلك قبل خمسة أيام فقط من وقوع الحدث.
- في 6 سبتمبر 2001، قفز حجم بيع و التخلص من أسهم شركات الطيران الأمريكية بحجم بلغ أربعة أضعاف حجم البيع و التخلص الطبيعي لهذه الأسهم. و في 7 سبتمبر قفز حجم بيع و التخلص من أسهم بوينغ الأمريكية إلى حجم بلغ خمسة أضعاف حجم البيع و التخلص الطبيعي لهذه الأسهم. و في 8 سبتمبر قفز حجم بيع و التخلص من أسهم شركة أميريكان أيرلاينز إلى حجم بلغ 11 ضعف حجم البيع و التخلص الطبيعي لهذه الأسهم. حركة البيع و الشراء اللاحقة بعد الحداث وفرت أرباح وصلت إلى 1.7 مليار دولار أمريكي
- يوم 10 سبتمبر 2001، قام العديد من المسؤلين في البنتاغون بإلغاء رحلات طيرانهم ليوم 11 سبتمبر بصورة مفاجئة
- يوم 10 سبتمبر وصل إلى ويلي براون محافظ سان فرانسيسكو إتصال هاتفي ينصحه بعدم الطيران إلى نيويورك لحضور اجتماع كان مقررا في 11 سبتمبر، و لم يغادر بناء على تلك النصيحة. إتضح فيما بعد أن المكالمة صدرت من مكتبكونداليزا رايس
ظهرت تقارير عن رؤية أسامة بن لادن ليلة 11 سبتمبر في باكستان في مستشفى عسكري باكستاني حيث تم إخلاء جميع العاملين من قسم المجاري البولية و إستبدالهم بعاملين من الجيش- في 10 سبتمبر تم تحريك معظم المقاتلات الأمريكية إلى كندا و الاسكا في مناورة تدريبية سميت الشر الشمالي لمحاربة هجوم أسطول طيران روسي وهمي وفي 11 سبتمبر تم بث صور طائرات مقاتلة وهمية على شاشات الرادارات العسكرية مما أربك الدفاعات الجوية في منظومة نوراد ذلك اليوم. و لم يبقى في الولايات المتحدة الأمريكية بكاملها سوى 14 مقاتلة للحماية، و في 11 سبتمبر تم إرسال 3 طائرات إف16 هم ما تبقوا بجانب البنتاغون إلى مهمة تدريبية في شمال كارولاينا.
